办公室：
    协助处领导组织协调机关日常工作；负责机关文秘、宣传、信息、档案、保密、信访、督查、会务和综合性文稿的起草工作。负责处机关的组织人事、劳动工资、党群、老干部工作。　

水产科（市水产技术推广站、市渔业病害防治中心）：
    拟定渔业发展政策措施、渔业中长期发展规划和年度计划，指导、协调全市渔业生产；负责渔业良种场、渔业示范基地建设，组织渔业经济调查，发布渔情预报；拟定渔业科技发展规划与计划，负责渔业科技项目的论证、申报与科技成果的推广应用；负责渔业技术推广、渔业新品种引进培育、苗种繁育、渔业病害防治工作；负责渔业学会、协会、水产志工作；承担水产职业技能鉴定、渔业技术培训、水生动物防疫检疫、渔业水域环境监测工作。

计财科：
    负责渔业基本建设、技改项目的论证、报批及渔业招商引资、渔业生产统计工作。编制渔业事业费预决算并监督执行，负责处机关财务、社会保障和国有资产管理工作。

质检科（市渔政监督管理站、市水产品质量检验检测中心）：
    拟定渔业法制建设规划，组织协调渔业立法起草调研；负责 全市水产品质量安全监督、水产品市场准入检验、水产品产地认定和产品认证工作 。 负责渔业行政应诉、复议和行政执法监督检查；组织渔业普法宣传、执法人员培训及核发执法证件。负责渔业安全工作，组织调查处理渔业违法案件。